Uno de los departamentos es el Borussia Dortmund II, que sirve principalmente de base para probar jugadores prometedores antes de ser promovidos para el equipo principal. En años posteriores el filial se mantuvo en segunda división (a excepción de la temporada 1987-88, en la que descendió para regresar al año siguiente) aportando al primer equipo jóvenes promesas como Ander Garitano, Julen Guerrero, Aitor Larrazabal, Óscar Vales, etc. Al año siguiente, un Bilbao Athletic dirigido por José Ángel Iribar, logró la mejor clasificación de su historia, siendo subcampeón de la Segunda División A; de la cual Julio Salinas se proclamó Trofeo Pichichi, habiendo marcado 20 goles.
