En 2019, Independiente finaliza el campeonato penúltimo en zona de Play Out, donde tuvo que enfrentarse con Villa La Ñata. Compitió en Primera División hasta 2012, año en que pierde la categoría por primera vez. También tiene un equipo reserva de la Primera División en el que participa anualmente en el Torneo de Reserva. Le sustituye al final de la temporada Raúl González que no evita el desastre y el club acaba descendiendo a la Tercera División en la última jornada tras un empate 1-1 en la Nueva Balastera ante el CF Palencia.
