Supone una estabilidad deportiva del fútbol en Burgos ante la poca duración que tuvieron los anteriores clubes que trataron de surgir en la ciudad. En ese contexto, Independiente necesitó realizar prácticamente una campaña de campeón para escaparse del descenso, y se coronó campeón del Torneo Apertura 2002 luego de haber pelado durante todo el certamen con Boca. En 2002, tras la venta de Diego Forlán al Manchester United, se quedó con un plantel diezmado y anotó sólo 14 goles en los 19 partidos del Torneo Clausura 2002, terminando por primera vez en última posición (20.º) y comprometiéndose con el descenso.
