En el verano de 2016, el club decide no inscribir al equipo filial en la Primera División Regional Aficionados, por el poco provecho que saca la primera plantilla del equipo filial y viendo los gastos que acarrea, lo hace desaparecer. En la temporada 2014/15, el equipo vuelve a competir en Primera División Regional Aficionados. Aunque el club se fundó a comienzos de los años 90, no fue hasta la temporada 2009/10 cuando se adhirió al Burgos Club de Fútbol, incorporando el nombre del club al patrocinador.
